Il est l’un des athlètes contemporains les plus titrés de sa discipline. Il a remporté deux fois la Coupe du monde, le Tournoi des Quatre tremplins et l’Holmenkollen. A cela s’ajoute huit médailles d’or aux Championnats du monde et trois médailles d’or olympiques dont une seule individuelle.

C’est au grand tremplin que Morgenstern s’est imposé lors des Jeux de Turin 2006 devant l’un des meilleurs spécialistes mondiaux de la discipline, Janne Ahonen, qui sera deux fois médaillé d’argent.

Morgenstern sera de nouveau médaillé d’or par équipe avec ses compatriotes autrichiens. Titre qu’il conservera à Vancouver 2010.

A Sotchi 2014, il sera médaillé d’argent par équipe. C’est là qu’il décidera de mettre un terme à sa carrière après avoir subit tout au long de son parcours sportif de très nombreuses blessures. Ainsi en 2003, il avait été retourné en l’air par une rafale de vent et avait fait une très violente chute sur le dos.

En 2014, il avait été grièvement blessé à la tête lors de son entraînement et s’était rétabli juste à temps pour prendre part aux Jeux olympiques.